药物科学研究院成立于2010年1月19日，是中国药科大学为构建药物研发创新链，集聚我校新药研发资源而形成的综合性新药研发技术大平台。药物科学研究院的组织构架为：天然药物活性组分与药效国家重点实验室及七个中心实验室：新药研究中心、新药筛选中心、新药安全评价研究中心、高端药物制剂与材料研究中心、分析测试中心、江苏省药物代谢动力学重点实验室和药物质量与安全预警教育部重点实验室。药物科学研究院对上述研究平台进行顶层设计、集中规划、统一管理，同时注重新药研发各技术节点的相互衔接，旨在通过资源的有效整合，提高新药研究和开发的成功率。

科学研究成果显著。自2013年实体化运行以来，到账科研经费达2.71亿元；获国家科技进步奖2项，省、部级科技进步等奖5项；累计发表影响因子大于5的文章105篇，影响因子大于10的文章18篇；申请专利117项，获授权36项；合作研发的1.1类新药维卡格雷片、普克鲁胺片、去氧鬼臼毒素、ACC006口服溶液、获得临床试验批件。

药物科学研究院自建立以来，与中国科学院上海药物研究所、国家纳米科学中心、南京大学、上海医药集团、上海复星-星泰医药科技有限公司、石药集团、江苏恒瑞医药股份有限公司、连云港康缘药业股份有限公司、扬子江药业集团、云南白药集团、江苏先声药业有限公司、长澳医药科技有限公司、美国Virginia Commonwealth University、法国国家科学院马赛纳米交叉科学研究中心、美国华盛顿大学等开展广泛战略合作，推动创新技术开发与产业孵化的紧密结合，加快新药研发科技成果的集成化、产业化和国际化步伐。